Helder en klaar Brabands glas
De woelige tijden in het begin van de Tachtigjarige oorlog spaarden ook Stiphout niet. Het dorp werd in 1587 door de Staatse troepen platgebrand waarbij ook de kerk het moest ontgelden. Het tabernakel waar de bij de brand van 1342 geredde hosties werden bewaard ging verloren. Het Heilig Sacrament van Stiphout was op tijd door de pastoor in veiligheid gebracht op het kasteel van Helmond.
Het kort na de brand vervaardigde schilderij dat de gebeurtenissen uit 1342 afbeeldde hangt nog altijd in de huidige Sint Trudokerk. Na de Vrede van Munster die in 1648 een einde maakte aan de oorlogshandelingen moesten de katholieken de kerk afstaan aan de protestanten. Hun geloof moesten zij in het verborgene of aan de andere kant van de staatsgrens belijden, zoals bijvoorbeeld in Gemert dat niet onder Staatse zeggenschap viel. In het voorjaar van 1672 viel de Franse koning Lodewijk XIV de Republiek binnen. In de zomer van dat jaar werden vanuit kasteel Cranendonck bij Maarheeze tal van dorpen in de Meierij geplunderd. De katholieken hoopten op godsdienstvrijheid onder de Fransen, maar daar kwam weinig van terecht. Na het vertrek van de Fransen werd het regime wat soepeler en konden de katholieken gewoon in het eigen dorp een kerk bouwen. Die kerken mochten er niet als een kerk uitzien. Het waren de zogenaamde schuurkerken. De schuurkerk van Stiphout werd gebouwd op de plaats van de Tiendschuur, op de hoek van de huidige Trudostraat en Dorpsstraat. De oude kerk werd voortaan gebruikt door een handvol protestanten. Het gebouw was eigenlijk veel te groot. Vaak wordt gezegd dat de protestanten die grote kerken niet konden onderhouden omdat hun gemeenschappen maar klein waren. De inkomsten die verbonden waren aan de voormalige katholieke kerken gingen echter ook over aan de protestanten en konden worden aangewend om het gebouw te onderhouden. In de bewaard gebleven Stiphoutse kerkrekeningen zien we dat er in de tijd dat de protestanten de kerk in handen hadden er regelmatig uitgaven waren voor onderhoud.
Nadat de Fransen in 1672 weg waren begon Jasper den Leijendecker van Eijndhoven met de reparatie van het dak. In dat jaar moesten er 16 stuivers betaald worden aan Jan de Smet in Helmond voor het maken van twee kerksleutels. Meester Hendrick van den Eijnde vroeg 25 stuivers voor de anderhalve dag die hij nodig had om het uurwerk te repareren. Het jaar daarop werden er eikenbomen verkocht die bij de kerk stonden. Het geld dat de verkoop opleverde werd gebruikt om de klok weer gangbaar te maken zodat men die weer kon luiden. Er kwamen nieuwe klokkentouwen; de grote klok kreeg een nieuwe riem waaraan de klepel hing. Om bij de klokken te kunnen komen moest er eerst een nieuwe trap in de toren worden gemaakt. Dat was een karwei voor Jan Fransen en zijn knecht. Samen kregen ze daarvoor 22 stuivers per dag. Acht dagen later was de klus geklaard. Ook de kerkdeuren werden gerepareerd. In 1773 moest het dak weer worden vernieuwd. Er zijn bestekken bewaard uit 1776 en 1782 voor het jaarlijks onderhoud. In 1782 werd de torenspits gedeeltelijk vernieuwd en werden ook de donker geworden ramen in het koor door “goed helder en klaar Brabands glas” vervangen en gezet in “swaar en breet glas lood”.
Bij de staatsregelingen van 1798 werd bepaald dat de oude parochiekerken zouden worden toegewezen aan de grootste geloofsgemeenschap. Dat waren in de meeste Oostbrabantse plaatsen de katholieken. Aan het begin van de negentiende eeuw waren er in Stiphout nog maar 5 protestanten en dat waren allen bewoners van kasteel Croy. De schuurkerk was voor de katholieken echter veel idealer gelegen dan de oude kerk. Men besloot om de kerk op de toren na af te breken en het sloopmateriaal te gebruiken om de schuurkerk te verbeteren. In 1884 sloeg de bliksem nog eens in de oude toren waardoor de spits verbrande. Lang heeft de toren nog zonder dak gestaan met open galmgaten. Uiteindelijk werd de toren gerestaureerd en kwam er weer een spits op. In april 1978 kon de vlag in top.
Bron: Regionaal Historisch Centrum Eindhoven, Archief Gemeentebestuur Stiphout 1468-1811; en Stiphout vanaf het begin… Hoofdstukken uit 825 jaar Stiphoutse geschiedenis.